(c'est parti pour un étalage de science! )
En fait, le diapason réel de la Mi aigue sera aussi plus grand que le théorique... Ca vient du fait que les emplacements des frettes sont calculés sans prendre en compte les déformations exercées sur la corde par le doigt. Mais quand on frette, on augmente la tension dans la corde, d'où le besoin d'allonger le diapason pour pouvoir retomber sur ses pattes!
Maintenant, la différence dans le réglage de l'intonation vient du fait que chaque corde répond différement à cette déformation, et donc l'augmentation de tension est différente de corde à corde (chacune a son propre module de Young, qui est le rapport déformation/tension). Les cordes les plus fines ayant un module de Young plus faible, elles n'ont presque pas besoin de correction...
Tout ça pour dire qu'il n'y aura jamais besoin d'une intonation négative...