Ta pédale (c'est quel modèle ?) N'est certainement pas "true bypass".
Même quand la pédale est désactivée, le signal passe toujours par le circuit électronique et ça peut dans certain cas le colorer ou le détériorer. (surtout si la pédale est défectueuse).
Pour en savoir plus va faire un tour sur ce topic
https://www.guitariste.com/for(...).html
Sinon, ça peut aussi venir d'un de tes jack. (abimé ou qui fait mal contact)