Salut !
C'est effectivement mêlant quand on débute. Il faut comprendre ici qu'il ne s'agit pas de musique, ni même de théorie musicale, mais d'un truc mnémotechnique pour visualiser les gammes sur le manche d'une guitare... C'est un bien un "truc" pour te faciliter la vie et pas autre chose... on ne peut pas parler de "positions classiques" dans le sens où elles seraient issues d'une tradition... elles sont simplement déduites des possibilités qu'offre le manche.
C'est les positions (le dessin sur le manche) que tu apprends... Ces positions sont transposables. Donc pour reprendre ton exemple de pentatonique mineure en position 1 :
La hauteur sur le manche n'est pas définie. La "logique" est simplement que tu peux prendre n'importe quelle note sur la grosse corde de MI et lui appliquer ce dessin et tu auras la gamme pentatonique mineure de cette note (pour être plus précis, tu as les notes possiblement jouables dans cette position qui font partie de cette gamme... encore une fois, tu n'apprends pas les gammes).
La tonique est indiquée en rouge... Donc si tu avoir un La en tonique, tu dois regarder où se situe le La sur la grosse corde de Mi... donc en case 5... idem si tu veux avoir un C en tonique... le C se situe en case 8 de la corde de Mi...
Tu n'apprends pas une gamme, tu apprends des positions transposables. Il faut connaitre le dessin, mais aussi où se situe la tonique sur le dessin.
Une fois que tu connais la forme (le dessin), tu peux bien sûr commencer par la tonique et jouer la gamme. C'est important de distinguer l'apprentissage des positions et l'apprentissage des gammes, même si l'apprentissage des gammes se fait à partir des positions, on n'est pas dans la même approche.
Pour reprendre l'exemple ci-haut, les notes indiquées "1" peuvent aussi être jouées à vide si tu veux jouer les notes de la gamme de E pentatonique mineure. Donc tu sais que toutes les cordes à vide vont être dans la gamme (le 3 rouge se joue donc sur la 2e case).