Habituellement, je pense que la vieille rengaine "le son mec, tu vois, c'est dans les doigts" est l'une des plus grosses conneries que l'on puisse entendre dans le monde de la guitare, mais dans le cas de Iced Earth il est impossible de nier qu'une partie de ce tranchant vient de l'attaque ultra sèche et précise de Schaffer, combinée à son tirant 13-56 (pour un accordage en Eb à cette époque, il me semble).
Coté matos à proprement parler, Jon utilise principalement l'association gratte acajou + EMG81, et effectivement, principalement des Marshall.
Cependant, Schaffer est un geek du matos, je crois me souvenir que ses Marshall étaient à l'époque moddés par Splawn ; toutefois, pas sûr qu'à l'époque ils déplaçaient leur backline US en tournée européenne, les Marshalls de ce live ont de bonnes chances de ne pas être modifiés.
D'expérience, une bonne attaque et un ampli typé Marshall éventuellement boosté par une light OD permettent d'obtenir un grain et un tranchant très proches d'Iced Earth.
Et deux points importants : ne pas utiliser l'astuce du delay pour ce type de son, et surtout, monter les mediums.
Et pour les albums récents, Engl, Splawn et Larry Amps. Oui, ouch.
PS : le son des guitares en lui-même n'est absolument pas "gros" : cherche la précision (autant dans ton attaque que dans le rendu de ton matos) plutôt que d'essayer de grossir ton son, sinon c'est peine perdue.