En fait, c'est mieux pour certains effets, mais pas pour tous !
Pour savoir si c'est mieux ou pas, il faut savoir comment l'effet fonctionne !
Par exemple, on conseille de mettre les effets de modulation dans la boucle (donc, après le préampli, c'est-à-dire, après la saturation), parce que si on les place avant la distorsion distord un signal beaucoup plus complexe (souvent pitché ou dans le cas d'un delay, répété). Résultat, bouillie sonore.
En revanche, certains effets comme l'octaveur ou la whammy ne fonctionnent correctement que si le signal est propre (pur). Si on les place après la disto, ils ne comprennent plus rien !
Dans le cas des effets à égalisation (wahwah, equalizer et certains filtres), c'est au choix, ça dépend de quelle partie de ton son tu veux équaliser...
Voilà, j'espère que j'ai été à peu près clair...