La "confusion" n'est pas un problème, sauf que pour l'apprentissage la majorité, pour ne pas dire la totalité, des références (cours, livres etc) sont en accordage standard. Le "problème" est le même, peu importe l'accordage alternatif.
Ce n'est pas un problème, dans le sens où ça te force à ne pas fonctionner sur des automatismes. Bien sûr, ça reste un choix délicat, comme de pratiquer plusieurs instruments.
Dans tout les cas, changer d'accordage ne doit pas être considéré comme une "solution" à des difficulté d'apprentissage, mais plutôt être vu comme faisant partie de l'apprentissage... tu peux explorer et revenir vers l'accordage standard, ou pratiquer les deux en parallèle.