J'ai une formation de dev info aussi, et je touche aux systemes linux depuis un peu plus de deux ans.... c'est clair qu'a partir du moment ou tu accrochera à linux, tu feras toujours gaffe quand tu achetes du matos....
Pourtant il me semble pas avoir entendu parlé de gros probleme de compatibilité avec les cartes son...
Le truc avec les systeme linux, c'est configurer son systeme de facon a ce que tout marche correctement, ca c'est compliqué, c'est chiant, mais une fois que ca marche c'est le bonheur.... il est important de configurer ta distribution pour qu'elle utilise ALSA pour la couche son du systeme, et la en principe plus de probleme. Va sur les forum dédié aux distribs, ils sont souvent trés actifs et on a souvent pas besoin de poser la question pour trouver la réponse.
Un autre petit site sympa sur la mao sous linux :
http://www.linuxmao.org