Normalement, tu peux refaire la bande son et la mettre à la place du son original. (m'enfin, je connais pas Movie Maker, mais sur un soft d'édition vidéo digne de ce nom, c'est le B A BA)
Tu peux même prendre le son avec un autre micro branché sur ta carte son, et utiliser ce son à la place. Comme ça c'est plus facile à re-sync-er.
Sinon, dans les softs d'édition vidéo, il y a autant de marques/modèles/niveaux de complexité que dans les softs de son, voire plus ...
Certains comportent un encodeur, sinon à défaut, tu peux trouver des encodeurs en open-source ou gratos qui fonctionnent bien (ça dépend de ton format final).