Moi je verai bien un formatage de disque dur (c'est la que tu apprécierai d'avoir fait des partitions au préalable, je ne sais pas si c'est le cas), puis une réinstallation de Windows (XP ?).
Mais je pense sincèrement que tu devrais insister un peu au préalable, c'est quand même bizarre que t'arrive simplement à lire sur une des entrées et simplement à enregistrer sur l'autre ... comme tu disais, ca sent le petit oubli débile qui va finir par pointer son nez ! Commence par essayer d'entendre du son en lecture, sur les deux entrées (en sachant que sur le line in, comme c'est pas amplifié par le PC, c'est normal si le son est plus faible).
Pour le MIDI, je reste persuadé que c'est un réglage de ton clavier donc inutile de réinstaller pour ca. T'as essayé ox-midi ou battery ?